Гнездовой ареал хохлатой синицы в Европейской России охватывает почти всю лесную зону, за исключением востока средней и большей части северной тайги. Осеннее-зимний ареал и характер распределения в его пределах практически совпадает с гнездовым. Хохлатые синицы ведут в основном оседлый образ жизни. Негнездовое перераспределение популяции не приводит к массовым кочевкам, характерным для других видов синиц. Взрослые птицы склонны круглый год держаться парами на постоянных территориях; в осенне-зимний период на них могут поселяться не гнездившиеся ранее пары молодых птиц. В отличие от других синиц, одновидовые группы для вида нехарактерны, хотя по 2–4 особи могут присоединяться к смешанным «синичьим» стаям.
Предпочитаемые местообитания — спелые леса с преобладанием сосны и ели. Чаще всего встречаются в смешанных сосново-еловых древостоях, за ними по уровню плотности населения следуют сосняки, далее — ельники и хвойно-лиственные леса. В пределах ареала распределение очень неравномерное. Высокая численность характерна для местности, где значительные площади занимают сосняки: это водно-ледниковые ландшафты мещерского типа, карельские лесоболотные ландшафты, участки долин крупных рек с боровыми террасами. Максимальной плотности населения вид достигает в южной и средней Карелии. В районах, где сосняков мало, численность обычно невысока, даже если значительную площадь занимают леса с участием ели. На обширных пространствах водоразделов, где преобладают вторичные елово-лиственные леса, хохлатые синицы редки или отсутствуют. Практически не встречаются они и в островных сосновых массивах лесостепной и степной зоны.
В зимнее время хохлатые синицы чаще всего ищут корм — в основном мелких беспозвоночных — на скелетных ветвях хвойных деревьев, в том числе сухих. Используют в пищу и растительные корма, в том числе семена хвойных; последние доступны для них только после раскрытия шишек. Так же, как и гаички, в течение всего года могут запасать корм. Чаще других синиц спускаются на землю, на ночь прячутся в дупла.
По данным программы «Parus», зимняя численность хохлатой синицы демонстрировала умеренное снижение. Наиболее заметно оно было на территориях с исходно высоким уровнем. Так, в Брянском полесье (заповедник «Брянский лес») и южной Карелии (заповедник «Кивач») показатели обилия в последнее десятилетие были в 1,5–2 раза ниже, чем в 1980-е и первую половину 1990-х гг. В Подмосковье подобные различия обнаруживаются при сравнении последнего десятилетия с 1970-ми – началом 1980-х гг. В то же время на территориях, где плотность населения хохлатых синиц не превышала 4–6 особей на 1 км2, её уровень не изменился.
В целом, зимняя численность хохлатой синицы на европейской части России за последние 30 лет сократилась примерно в 2 раза. По расчетам, основанным на данных программы «Parus» и показателям площади хвойных и смешанных лесов, в 2006–2018 гг. на территории европейской части России зимовало примерно 2,1 млн. ос. В 1986–1995 гг. этот показатель составил 4,1 млн., а в 1996–2005 гг. – 2,7 млн. особей. По данным «Атласа гнездящихся птиц Европейской России», гнездовая численность в последнем десятилетии составила 0,5-1 млн. пар. Сравнение с данными учетов 1960-х — начала 1990-х гг. позволяет предполагать, что снижение в 1,5–2 раза характерно и для гнездового периода.
По-видимому, основная причина снижения численности — изменения видовой и возрастной структуры лесов под влиянием вырубок, и в первую очередь исчезновение старовозрастных сосновых и еловых древостоев и их замена молодыми хвойно-лиственными лесами. Возможно, оказывает влияние также возросшая нестабильность климата, ухудшающая условия зимовки птиц и отрицательно влияющая на плодоношение хвойных деревьев.
